A corrente no vidro é alternada entre os fios, ou seja, no fio A passa +12v e no fio B -12v para subir, e no fio A -12v e no fio B +12v para descer.
Nesse teu caso, o alarme devia ter uma ligação aos piscas para estes piscarem quando o alarme era ligado, e possivelmente, fechar os vidros ao mesmo tempo.
Para dar esse resultado quando o vidro sobe, significa, que mantem-se a ligação aos piscas. Por isso, o que recomendo é verificares o circuito dos piscas a ver se não tem uma ligação extra aos vidros.
Durante a semana já coloco um esquema elétrico dos vidros, e do pisca. Qual é o carro e o ano?